Les actions d’un Parc naturel régional sont arrêtées par son organisme de gestion, « le syndicat mixte », qui regroupe l’ensemble des collectivités et partenaires ayant adopté sa charte. Le Syndicat mixte du Parc rassemble les collectivités ayant approuvé la Charte : les signataires. Ses statuts sont annexés à la Charte. Il est l’organe de concertation et de codécision entre toutes les collectivités concernées par le Parc. Il assure la mise en œuvre de la Charte, en associant les partenaires concernés. Il n’a pas vocation à allouer des subventions, ni aux signataires de la Charte, ni aux partenaires locaux ou régionaux. Il accompagne techniquement les signataires et les partenaires, en mobilisant son ingénierie interdisciplinaire.

Il peut intervenir en tant que pilote (maître d’ouvrage, gestionnaire…) sur certaines actions, et le cas échéant comme prestataire (ou maître d’œuvre) dans des domaines où sa compétence technique est reconnue. Il donne des avis lorsqu’il est sollicité, conformément aux dispositions règlementaires. Le comité syndical qui dirige le Syndicat mixte comprend actuellement 239 délégués des collectivités signataires, soit selon le périmètre d’étude de la révision de Charte : la collectivité de Corse (46 délégués), les 12 établissements publics de coopération intercommunale (1 délégué par EPCI), et enfin les 178 communes (1 délégué par commune). La composition du comité syndical a été fixée en2019. Le bureau dispose de délégations du comité syndical et comprend 47 membres. Le Président et les huit vice-présidents sont élus en son sein.